אגף איכות הסביבה מופקד על ריכוז הפעולות בנושא איכות הסביבה במועצה, וקידום הקיימות בה. תחומי הפעילות המרכזיים של האגף:
- טיפול בפסולת ומיחזור: האגף פועל לייעל את הטיפול בפסולת, להעלאת רמות המיחזור ולהקטנת כמויות הפסולת המועברות להטמנה.
- חינוך סביבתי: עבודה עם מערכות החינוך בישובים ומוסדות החינוך של המועצה להקנית ערכי הקיימות ואוריינות סביבתית.
- עבודה עם הקהילות להעלאת המודעות לצורך בשינוי ובהקטנת טביעת הרגל האקולוגית, לטיפוח ערכי הקיימות ולשיפור איכות הסביבה בישובים.
- פיקוח ואכיפה בשטחים הפתוחים, באזורי התעשיה ובישובים למזעור מפגעים סביבתיים, וכן לכידת כלבים משוטטים לפי פניות תושבים
- וטרינריה: חיסון ועיקור חתולים וכלבים.