הנהלת המועצה הינה ועדה סטטוטורית הנבחרת ע"י המועצה מתוך חברי המליאה.

תפקידיה העיקריים הם לנהל את ענייני המועצה, לתאם את פעולות הועדות השונות ולפקח עליהן, לודא כי החלטות המליאה והועדות יבוצעו כדין וכן למלא כל תפקיד אחר שיוטל עליה ע"י מליאת המועצה.